منابع آب سد ژاوه در معرض آلودگی شدید قرار گرفته و کارشناسان محیط زیست هشدار می‌دهند که آبگیری این سد بدون رعایت الزامات زیست‌محیطی، وضعیت سلامت انسان، محصولات کشاورزی و جاذبه‌های گردشگری کوردستان را تهدید می‌کند.
هیأت مدیره و اعضای کمیته‌های آلودگی محیط زیست انجمن "شنه‌ی نه‌وژین" کوردستان، روز چهارشنبه ۱۹ شهریور ۱۴۰۴ از سد ژاوه بازدید کردند و وضعیت بحرانی آن را بررسی نمودە و نسبت به پیامدهای گسترده آن هشدار دادند.
بر اساس گزارش این انجمن، ورود حجم بالایی از فاضلاب‌های شهری و کشتارگاه‌های صنعتی و روستایی به رودخانه‌های تغذیه‌کننده سد، موجب آلودگی شدید منابع آبی شده است. این آلاینده‌ها شامل ترکیبات فسفر و نیترات هستند که رشد سریع جلبک‌ها و تولید سم سیانوتوکسین را تشدید می‌کنند. این سموم می‌توانند سلامت انسان و حیوانات را تهدید کنند.
همچنین، استفاده از این آب‌های آلوده در آبیاری محصولات کشاورزی باعث کاهش کیفیت و ایمنی محصولات شده و زنجیره غذایی را در معرض خطر قرار می‌دهد.
آبگیری سد ژاوه بدون در نظر گرفتن پیوست زیست‌محیطی، بخشی از سیاست‌های سازمان‌یافته نابودی محیط زیست کوردستان است کە تبعات منفی جدی برای محیط زیست کوردستان به دنبال خواهد داشت و در صورت بی‌توجهی، این سد به سرنوشت سد وحدت دچار خواهد شد؛ سدی که به دلیل آلودگی شدید، آب آن هم‌اکنون برای شرب غیرقابل استفاده است.
هیأت انجمن شنه‌ی نه‌وژین در ادامه به تهدید میراث فرهنگی و جاذبه‌های گردشگری هورامان اشاره کرده و اعلام نمود که آلودگی منابع آب و محیط زیست می‌تواند جذابیت‌های گردشگری منطقه را کاهش دهد و خطر قرارگیری در فهرست سیاه یونسکو را افزایش دهد.
علاوه بر این، انتشار بوی نامطبوع در شهر سنە و روستاهای اطراف به دلیل جلبک‌های سمی، کیفیت زندگی ساکنان را کاهش داده و نگرانی‌های بهداشتی را افزایش داده است. انتقال آب سد ژاوه به دشت‌های قروه و دهگلان نیز می‌تواند موجب گسترش آلودگی در این مناطق و تهدید منابع آب شرب و کشاورزی شود.
